选择救女朋友，大结局是主角离开小岛；选择斯特拉呆在一起，最后的大结局是杀了主角。这两个大结局充满了悲剧色彩，但同时也展现出人性的坚定和勇壮。在《孤岛惊魂3》的故事中，杰森为了寻找失踪的兄弟，来到了壹个遥远的岛屿。然而，当他到达那里时，他发现这座岛屿被一位疯狂的军阀所控制，岛上居民生活在水深火热之中。杰森决定深入岛屿，解救兄弟，同时揭示军阀的真正面目。

该游戏的藏大结局有两个分别是离开小岛和杀了主角。其实两个大结局根本没有任何关联，包括后面的继续探险，就算一开始只玩主线任务，通关后还是可以攻占哨站，想了解更多的玩家可以进入游戏去尝试。

离开小岛

如果玩家选择拯救他的兄弟，丹尼斯会对杰森的行为感到愤怒，并用刀刺给杰森，这时斯特拉挺身保护杰森导致被丹尼斯误杀。最后杰森和他的兄弟们离开了小岛，但杰森在独白中说他将永远无法从苦难中恢复。

杀了主角

如果玩家选择战士之路，杰森将杀死他的兄弟，随后会出现杰森跟斯特拉在一起的画面。接着斯特拉会拿刀刺给杰森，说杰森会死得像个战士，他们的孩子将来会成为新的领导者，接着杀了主角，游戏结束。